汉代雅乐渐微，俗乐日盛，也是古琴文化在民间发展的重要时期。这一时期，古琴逐渐确立了七弦十三徽的形制，蔡邕的《琴操》分类著录了“五曲、九引、十二操”并“河间杂曲二十一章”；其中保存了先秦时期一些古琴曲，但更多的是汉代民间创作、流行的琴曲。而蔡邕自己创作的《青溪五弄》、司马相如琴挑卓文君，以及蔡琰创作的《胡笳十八拍》琴曲歌辞，是有信史可考的文人参与琴曲创作的证据。《饮马长城》《梁甫吟》《箜篌引》等则是采自民间，又“披之管弦”的相和歌，是文人间接参与琴曲和琴歌创作的证明。
但这并不足以影响后世文人参与古琴文化的发展。对文人参与古琴发展起到决定性影响的，是“魏晋之风”。以“竹林七贤”、“兰亭名士”和陶渊明为代表的魏晋名士，援佛道入儒，“越明教而任自然”，他们各以妙章行世，复以玄谈、书法、音乐和酒抒发性灵，啸傲林泉；其清峻通脱、风流自赏、不流世俗的精神，构建和完善了士人的人格基础。而琴，正是他们“导养神气，宣和情志”的“道器”，犹如他们手中的健毫、杯中的杜康。嵇康的“广陵散绝”和陶渊明的“无弦琴”，更是潜隐于历代士人心底的美丽遗梦。
正因为士人的参与，古琴才有其独特的人文性。琴曲中包含的题材和情感，我们都可以从他们留下的吟咏中一一找到相对应的诗文。所以明初《太古遗音》以下琴谱多说：“左手吟猱绰注，右手轻重疾徐，更有一般难说，其人须要读书。”“学琴必须要有文章、能吟咏者，易知其妙。”
然而，奇怪。我们今天看到的历史上留存下来的琴曲，大多无真实的作者署名；有的琴曲在不同的琴谱中也署有不同的制曲者。像清代庄臻凤、程雄那样自己制曲刊印琴谱的，只是个例。很多琴曲是矫托古圣先贤所制，有的甚至是假托神人所授，梦中所得。而且，这种情况也不见有人指出，至今是人云亦云。这不能不说是一个很独特的文化现象。
除了客观上不少琴曲本来就是民间创作，来自民间；大概只有一个原因可以解释这样的现象。那就是宋代把琴书和琴乐列在“六艺”之外，并将古琴比于“教坊琵琶羯鼓之流”以后，制曲者故意隐名不彰使然。这与琴人“黜俗归雅”，强调古琴的神圣性，强调古琴乃“圣人之作”、琴曲乃 “圣人之乐”，其实是一个意思。
